настройка обновлений через прокси сервер в Linux Mint

sudo gedit /etc/apt/apt.conf

Acquire::http::proxy "http://myname:mypass@localhost:5865/";
Acquire::ftp::proxy "ftp://http://myname:mypass@localhost:5865/";

source

если проки-серверу нужна авторизация то нужно настроить  cntlm http://sourceforge.net/projects/cntlm/files/